Для обеспечения безопасности как данной лаборатории, так и всего города в целом, было сформировано Особое подразделение тактики, усмирения и устранения (ОПТУиУ), состоящее исключительно из лиц, лояльных властям и обладающих суперспособностями. В большинстве случаев членство в данной структуре являются тайной.

ОПТУиУ ведёт учёт лиц с суперспособностями, однако не пытается изолировать их от общества и отправить на исследования силой: данных для исследований уже достаточно. Этому поспособствовало значительное финансовое вознаграждение тех, кто соглашались стать «подопытными». Излишнее же давление силовых структур привело бы к дестабилизации обстановки в городе, населённом людьми с суперспособностями.

Наиболее загадочное структурное подразделение ОПТУиУ, сохраняющее значительную автономность – его члены подчинены только своему руководителю ДАНЗО, а потому вольны не считаться даже со старшим офицерским составом ОПТУиУ, если те не аффилированы с «Корнем».
Основными направлениями «Корня» являются создание уникальной армии лиц, обладающих усиленными сверхспособностями, а также выведение формулы «идеального» солдата. В идеале же — совместить эти два направления.

Они заинтересованы в приобретении большей силы, в (не всегда добровольной) вербовке наиболее одарённых лиц в свои ряды, а также не считаются с нормами морали. «Корень» существует в условиях строжайшей секретности, из-за чего даже большинство членов ОПТУиУ не осведомлены о его существовании. Свои действия члены «Корня» при этом считают направленными исключительно на благо государства.

Тотальный контроль над городом силами ОПТУиУ нравился не всем. Если поначалу подавить отдельные вспышки недовольства обладающих сверхспособностями не составляло никакого труда, то со временем ими было организовано полноценное повстанческое движение — так появилась группировка, именуемая «Рассвет», которая борется за независимость и свободу сверхлюдей.

Несмотря на кажущиеся благими намерения группировки, она сыскала популярность и среди местного преступного сообщества. Заручившись поддержкой преступников — а также тех, кто пострадал от нынешнего строя в Конохово, — «Рассвет» осуществляет диверсионную деятельность по всему городу: саботирует структуры ОПТУиУ и вербует всё больше помощников-шпионов.
Для разрушения тотального контроля ОПТУиУ «Рассвет» также занимается отловом оборотней (джинчуурики) и привлечением на свою сторону наиболее одарённых обладателей сверхспособностей, подобно «Корню». Однако, как и следует из контекста, их цель диаметрально противоположна идеям ДАНЗО.

Раскрытие личности члена «Рассвета» в Конохово равносильно смерти, и потому они стараются сохранять инкогнито. Так, во время миссий используют отличительные плащи, в которых прячут лица; не оставляют свидетелей и тщательно маскируют свои способности, дабы не давать представителям ОПТУиУ никаких зацепок. Некоторые из «Рассвета» параллельно имеют официальную работу в Конохово.

Считаются наиболее сильными и могущественными из лиц, наделённых суперспособностями, что делает их желанной целью для как для добровольной, так и насильственной вербовки в ряды «Рассвета». Они обладают возможностью превращаться в огромное полумифическое чудовище, способное разрушать целые города единолично. Осознав, что данные лица могут быть использованы в злонамеренных целях «Рассвета», правительство приняло решение приставить к каждому известному им оборотню по одному из оперативников ОПТУиУ для ведения наблюдения за ними, а также для обеспечения их отчуждённости от участников «Рассвета».

Одни из оборотней на данный момент являются подопытными в исследовательской лаборатории, другие ведут обычный образ жизни, не осознавая, что за ними ведётся особое наблюдение; остальные не осознают свои способности сами.

Другой стороной, заинтересованной в вербовке лиц с суперспособностями, а также в их изучении является лаборатория «Болото», лидером которой является бывший член «Рассвета» Орочимару.

Главной целью как Орочимару, так и всей группировки, является изучение природы суперспособностей. Однако, в отличие от правительственной лаборатории, «Болото» не ограничивает себя нормами ни морали, ни права: они промышляют похищениями и убийствами, а их «исследовательские методы» характеризуются крайней жестокостью, что обосновывается позицией «цель оправдывает средства».

На данный момент лаборатория «Болото» удаётся сохранять свою безопасность и относительную неприкосновенность благодаря попустительству одной из структур ОПТУиУ, что рассчитывает использовать их лидера в качестве так называемого «контролируемого зла», от рабочего взаимодействия с которым можно извлечь больше выгоды, чем из потенциального конфликта.